根据阿富汗战争前联合国安理会的资料，蓋達组织在阿富汗擁有10個大本营，專門訓練成員使用武器、通訊設備和動員組織。由1980年代至今，接受過訓练人員達逾3萬，成員有4,000—5,000名；組織各成員會利用傳真、行動電話及互聯網，協調其在世界各地的支持者。一般對外發放新聞訊息，也是使用互聯網或錄影片段形式公布。蓋達组织與包括黎巴嫩、埃及、利比亞、葉門、敘利亞、伊拉克、菲律賓、埃塞俄比亞等國的其他伊斯蘭組織有聯繫，爭取脫離俄羅斯的伊奇克里亞車臣共和國及反华的东突厥斯坦独立运动有关的圣战组织也支持基地组织。

蓋達组织有下列直接分部：

阿拉伯半島基地組織（AQAP）

基地组织印度次大陆分部（英语：Al-Qaeda in the Indian Subcontinent）（AQIS）

伊斯兰马格里布基地组织（AQIM）

青年党 (索马里)

伊斯兰后卫（英语：Jama'at Nasr al-Islam wal Muslimin）（JNIM）

基地组织波黑分部（英语：Al-Qaeda in Bosnia and Herzegovina）[73]

伊玛目沙米勒营（英语：Imam Shamil Battalion）

聖戰獨一（英语：Tawhid al-Jihad (Gaza Strip)）

基地組織的庫爾德營[74]

阿卜杜拉·阿扎姆沙希德旅（英语：Abdullah Azzam Brigades）

阿布·哈夫斯·马斯里旅（英语：Abu Hafs al-Masri Brigades）

美索不达米亚圣战基地组织（英语：Tanzim Qaedat al-Jihad）

基地组织西奈半岛分部（英语：Al-Qaeda in the Sinai Peninsula）

宗教守護者（英语：Hurras al-Din）

下列組織被認為與蓋達組織有間接聯繫：

沙姆解放組織（通过塔利班）[75]

高加索酋長國（个别派系）

法塔赫伊斯兰（英语：Fatah al-Islam）[76]

伊斯兰圣战联盟[77]

乌兹别克斯坦伊斯兰运动（个别派系）

穆罕默德軍[78]

伊斯蘭祈禱團 [來源請求]

虔誠軍[79]

摩洛哥伊斯蘭戰鬥團[80]

而原蓋達组织伊拉克分部已经脱离，并成立了新的恐怖组织“伊斯兰国”。另外博科圣地也已宣布效忠伊斯蘭國。